《LINUX教程：Ubuntu下安裝openslide-matlab》要點(diǎn)：
本文介紹了LINUX教程：Ubuntu下安裝openslide-matlab，希望對(duì)您有用。如果有疑問，可以聯(lián)系我們。

跑全掃描圖像必要用到openslide這個(gè)包,底層是用C語(yǔ)言寫的,這里是openslide-python的安裝以及詳解點(diǎn)擊打開鏈接

起首下載openslide-matlab的包,github上有https://github.com/fordanic/openslide-matlab

解壓 用matlab運(yùn)行openslide_load_library.m這個(gè)文件,我出現(xiàn)了這個(gè)差錯(cuò)

libopenslide.so.0 not available on the MATLAB path\n?

解決方法

起首在終端找到libopenslide.so.0這個(gè)文件

locate libopenslide.so.0

于是能獲得文件的位置

我的地位是在/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenslide.so.0

假如找不到,直接在linux系統(tǒng)文件夾里搜索也行

然后將openslide_load_library.m中的第45行的

libName = libopenslide.so.0 改成

 libName =('/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenslide.so.0');

然后繼續(xù)運(yùn)行openslide_load_library.m這個(gè)文件,可能又出現(xiàn)類似的差錯(cuò),怒了,matlab的which()這個(gè)語(yǔ)句不咋地,

將下面一行的 which(libName)直接改成

'/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenslide.so.0'

然后繼續(xù)運(yùn)行openslide_load_library.m這個(gè)文件

openslide.h not available on the MATLAB path這個(gè)差錯(cuò)

繼續(xù)在終端運(yùn)行

locate openslide.h

這時(shí)候應(yīng)該能發(fā)現(xiàn)openslide.h文件在的地位,

同樣假如找不到,直接在linux系統(tǒng)文件夾里搜索也行

將第53行openslideHeaderLocation = which('openslide.h');這一句改成

openslideHeaderLocation = ('/home/hjxu/openslide-3.4.1/src/openslide.h');

目前安裝就已經(jīng)結(jié)束了,但是我呈現(xiàn)了一個(gè)問題

我的機(jī)器里沒有openslide.h這個(gè)文件,locate找不到地位,思前想后,可能我在安裝openslide-python的時(shí)候是用命令安裝的,所以找不到這個(gè)文件

重新安裝openslide-python這個(gè)包,下載地址http://openslide.org/download/

下載的是3.4.1,依據(jù)readme顯示

首先得安裝一些需要的庫(kù),避免一些不需要的麻煩,無(wú)論有用與否

1. sudo apt-get install libopenjpeg-dev libsqlite3-dev
2. sudo apt-get install openslide-tools
3. sudo apt-get install python-openslide
4. sudo apt-get install python3-openslide

cd openslide-3.4.1/
sudo ./configure

會(huì)檢查一些必要的庫(kù),我缺少了openjpeg這個(gè)庫(kù),安裝指南https://github.com/uclouvain/openjpeg/blob/master/INSTALL.md
首先得下載https://github.com/uclouvain/openjpeg/releases/tag/v2.1.2

然后依據(jù)安裝指南 切記下載 Source code (tar.gz)

To build the library, type from source tree directory:

mkdir build
cd build
cmake ..
make

Binaries are then located in the 'bin' directory.

To install the library, type with root privileges:

make install
make clean

To build the html documentation, you need doxygen to be installed on your system.It will create an "html" directory in TOP_LEVEL/build/doc)

make doc

然后再

cd openslide-3.4.1/
sudo ./configure

提醒缺少No package 'sqlite3' found
安裝splite3

sudo apt-get install sqlite sqlite3

?然后就ok了,這時(shí)候再locate openslide.h就能發(fā)現(xiàn)地位了,我的地位是在

/home/hjxu/openslide-3.4.1/src/openslide.h

然后變動(dòng)openslide_load_library.m

將第53行openslideHeaderLocation = which('openslide.h');這一句改成

openslideHeaderLocation = ('/home/hjxu/openslide-3.4.1/src/openslide.h');

再運(yùn)行openslide_load_library.m就OK了

可以測(cè)驗(yàn)考試運(yùn)行openslide_example.m 不報(bào)錯(cuò)就可以了,祝好運(yùn).

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