MySQL是什么東西?

1. 免費(fèi)的且廣泛使用的開源數(shù)據(jù)庫(kù)軟件

2. 廣泛應(yīng)用于基于網(wǎng)絡(luò)的應(yīng)用

3. 數(shù)據(jù)被存儲(chǔ)在數(shù)據(jù)庫(kù)(data.table)中,數(shù)據(jù)庫(kù)中存在著很多的表(table),表包含列(column)和行(row),列也叫做字段(fields),行也叫做記錄(record),列一般都是作為變量名的,例如姓名,性別,id等.

需要的R語(yǔ)言包

library("RMySQL")

## Loading required package: DBI

本文連接的數(shù)據(jù)庫(kù)

一個(gè)具體的面向網(wǎng)頁(yè)的MySQL數(shù)據(jù)庫(kù).這里告訴我們 連接它數(shù)據(jù)庫(kù)的方式為：

mysql --user=genome --host=genome-mysql.soe.ucsc.edu -A

開始使用 R語(yǔ)言進(jìn)行連接

ucscdb <- dbConnect(MySQL(),user="genome",host="genome-mysql.soe.ucsc.edu")result <- dbGetQuery(ucscdb,"SHOW DATABASES;")

## [1] TRUE

這里,給出一些具體說(shuō)明：

1. MySQL( )代表的是dbConnect函數(shù)連接的數(shù)據(jù)庫(kù)類型,可以是oracle,mysql等

2. user 是用戶名,host 是數(shù)據(jù)庫(kù)的網(wǎng)絡(luò)位置,如果是本地的,需要的參數(shù)是 password

3. dbGetQuery是數(shù)據(jù)庫(kù)查詢命令,"SHOW DATABASES;"是數(shù)據(jù)庫(kù)查詢命令,遵循的是Mysql語(yǔ)法和R 語(yǔ)言沒有關(guān)系.

4. 查詢結(jié)束之后注意斷開連接,會(huì)返回一個(gè) TRUE 值

5. result 里包含了這個(gè)host下所有的數(shù)據(jù)庫(kù) database

下面我們進(jìn)入某一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)

hg19 <- dbConnect(MySQL(),user="genome",host="genome-mysql.soe.ucsc.edu",db="hg19")all_tables <- dbListTables(hg19)

## [1] 11048

運(yùn)行結(jié)束之后,我們知道hg19這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)里有11048張表.

獲取表的信息

我想知道某一個(gè)表有多少列?

dbListFields(hg19,"acemblyPep")

## [1] "name" "seq"

然后,我又想把知道這個(gè)表有多少行?

dbGetQuery(hg19,"select count(*) from acemblyPep")

## count(*)

我想能不能看看這個(gè)表具體長(zhǎng)啥樣?

table <- dbReadTable(hg19,"acemblyPep")

## name

記得查詢完之后

dbDisconnect(hg19)

## [1] TRUE